from AASJ
この記事は、スイスバーゼル大学の研究チームによる最新の論文について述べています。この論文では、DNA配列の比較だけでは分からなかった蛋白質の相同性を、その構造から比較する新しいデータ解析方法が開発されました。この方法により、蛋白質同士の関係や機能が明らかになる例が示されています。しかし、構造の相同性だけでは機能についてのアノテーションはできません。
この研究では、3億5千万の蛋白質を50％の配列相同性を指標にしてクラスター分けし、全てのクラスターを関連付ける大きな蛋白質のネットワークを作成しました。さらに、これまでのアノテーションや構造の相同性などを加えたデータベースも作成されました。このネットワークの中で、アノテーションがまったくできていなかった蛋白質クラスターを「ダークマター」と呼び、さまざまな方法でアノテーションを試しています。
ダークマターとして分類されるクラスターも、ネットワークとして見ると、一部弱いアノテーションがつけられている分子を持つクラスターと系統的な関係が見つかります。この結果から、構造の類似性をもとに新しい分類とアノテーションが可能であることが示されています。
同様に、アノテーションができていない蛋白質もクラスター化し、詳しく解析することで機能が明らかになる場合があります。この研究では、新しいトキシン/アンチトキシンシステムとして機能を特定できたクラスターが紹介されています。
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