from AASJ
大規模なゲノムデータ解析の中で、最近ではSingle cell RNA sequencing（単一細胞RNAシーケンシング）が広く利用されています。しかし、このデータは膨大であり、多くの情報が見落とされる可能性があります。横浜理研の研究チームは、10xGenomicsが提供するsingle cell 5’ RNA sequencingデータを用いて、CD4T細胞の分化や反応を詳しく解析しました。特に、エンハンサー部位で起こるRNA転写に焦点を当て、これにより従来の方法よりも詳細な情報を得ることに成功しました。この研究は、我が国の機能ゲノミックス研究に新たな展望をもたらし、Science誌に掲載されました。
研究チームは、CD4T細胞を対象にして、btE（双方向に転写が見られる部位）を含む6万カ所のエンハンサーを特定しました。さらに、btEが実際のエンハンサーやプロモーターとの関係性を反映していることを確認しました。これにより、免疫関連疾患や病気のメカニズムを理解する上で重要な情報が得られることが示されました。また、CRISPRを用いてbtEを活性化する方法も開発され、特定されたエンハンサー領域が遺伝子転写に与える影響が明らかにされました。
この研究は、機能ゲノミクスの新たな展開を示唆し、ガンや免疫関連疾患の理解に貢献する可能性があります。特に、単一細胞のデータ解析におけるエンハンサー解析の重要性が強調されています。
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