from AASJ
腸内細菌の研究はDNAシークエンサーの進化とともに発展しています。次世代シークエンサーの普及により、バクテリアの種類を特定するためのDNAをシークエンスし、細菌叢の構成を調査する研究が行われました。さらに、ゲノム情報処理技術の進歩により、配列決定のコストが下がり、細菌叢から取り出したゲノム配列を解析する方法が主流になりました。最近の進展は、long readと呼ばれるシークエンサーにより、腸内に存在するバクテリゲノムを高い精度で再構成できるようになったことです。
スタンフォード大学の研究では、6人のボランティアから採取した腸内細菌叢をshort readとlong readで解析し、プロファージを調査しました。プロファージは細菌との関係を調べる重要な要素であり、研究は11月26日にNatureに掲載されました。研究結果から、プロファージは安定して同じ細菌に維持されており、細菌叢の多様性が大規模な伝搬を防いでいることが示されました。また、プロファージは遺伝子導入に利用できる可能性があり、今後の研究が期待されています。
プロファージは他のゲノムに組み込まれるための酵素を持ち、ホストのIS30というトランスポゼースが組み込まれたプロファージも発見されています。今後、腸内細菌叢の研究がさらに進展し、その謎が解明されることが期待されています。
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