from AASJ
David Baker氏のグループは、新しい機能的タンパク質のデザイン研究を牽引してきた。彼らの研究は目的が明確で、非専門家にも理解しやすい特徴がある。例えば、RFdiffusionやProteinMPNN、AlphaFoldなどの手法を組み合わせてタンパク質の構造を設計し、評価している。進化で得られた配列を物理化学的制約と結びつける方向でモデル開発を進めてきた。
一方、MetaのESM-3は進化的コンテクストを抽出し、自然言語による機能・構造記述を統合して新しい配列を直接設計することができる。AlphaFold2 multimerは、進化コンテクストを利用するためのモデルであり、hallucinationという手法を組み合わせることで新しい配列を探索・最適化することが可能になる。
スイス・ローザンヌ工科大学とMITの研究では、BindCraftというフレームワークを使用して様々なタンパク質を標的としてペプチド設計を行っている。PD-1やインターフェロンα受容体などのタンパク質に対するペプチド設計が成功し、高い結合親和性を持つペプチドが生成されている。
BindCraftは高い効率で機能的ペプチドを設計できる新しい枠組みであり、国際的な競争が激化している中、日本からもこの分野での研究成果が期待されている。
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